Il Programma di Eccellenza ha lo scopo di integrare la formazione della Laurea Magistrale in Fisica con corsi avanzati sugli ultimi sviluppi della ricerca scientifica. Gli studenti ammessi al Programma parteciperanno a una serie di corsi tematici, concordati con un tutor in base agli interessi scientifici dello studente, sostenendo i relativi test finali. I corsi, di circa 8-10 ore ciascuno, sono resi disponibili dalla Graduate school in Physics and Nanoscience organizzata dal Dipartimento avvalendosi di docenti leader internazionali nei rispettivi campi di ricerca.
Il Programma di Eccellenza è a numero chiuso. Requisiti e modalità di accesso sono stabiliti dal Regolamento. Ai partecipanti che completano con successo il Programma il Dipartimento rilascia un attestato. Inoltre, secondo un accordo con la Graduate School in Physics and Nanosciences, le lezioni frequentate nell'ambito del Programma di Eccellenza saranno riconosciute in parziale adempimento degli obblighi didattici agli studenti ammessi alla Scuola di Dottorato.